L’Unione degli studenti è stata fondata a Roma il 12 marzo 1994, dalla confluenza di varie entità studentesche italiane: gli «Studenti napoletani contro la camorra», le organizzazioni degli studenti siciliani contro le mafie sorte dopo la strage di Capaci, i sindacati studenteschi dell’Emilia-Romagna e gli appartenenti ad «A Sinistra», un’associazione nata nel 1992 dalla diaspora della FGCI e che si era sviluppata parallelamente ed indipendentemente alla «Sinistra Giovanile», organo giovanile dell’allora Partito Democratico della Sinistra. Apartitica e apparteneva all’area progressista, l’Unione degli studenti era ispirata ai sindacati studenteschi francesi[4] e la sua nascita fu, nel giro di breve tempo, seguita da quella dell’Unione degli universitari (UdU).[5]

La prima mobilitazione delle due neonate associazioni fu il 22 ottobre 1994, quando — assieme a «Tempi Moderni», altro erede della FGCI[4] — manifestarono a Napoli contro il governo Berlusconi e la riforma del ministro della Pubblica Istruzione Francesco D’Onofrio, chiedendo «a tutte le associazioni, gruppi, forze sociali e sindacati di aderire e sostenere questa iniziativa per un patto di solidarietà tra generazioni contro la politica sociale del governo»: uno dei principali temi di protesta fu il caro tasse universitario.[6] L’anno seguente, il 1995, l’Unione degli studenti lanciò in varie città una seconda mobilitazione di piazza per il 26 ottobre e un corteo nazionale a Milano per l’11 novembre[7]; a questo punto, l’UdS si era consolidato ed era definito da La Repubblica «il settore di movimento [studentesco] più organizzato, di area progressista, riformista, [che] tende alla formazione del sindacato degli studenti».[8] Nel 1997 si ripeté la mobilitazione autunnale[9] ed ebbe inizio l’esperienza della «Rete studentesca», formata da UdS, UdU e dai Giovani Artisti,[10] che, in occasione delle proteste dell’autunno 1998 in 120 città italiane, accentrate attorno ai diritti degli studenti e ad una riforma di modernizzazione delle scuole superiori italiane, divenne «Rete delle associazioni giovanili e studentesche», in acronimo RAGS («stracci» in inglese).[11][12] L’esperienza non ebbe seguito, ma può essere considerata l’antesignana della Rete della conoscenza che sarà fondata nel 2010. Nel 1999, l’Unione degli studenti appoggiò la riforma Berlinguer[13] e si oppose alla legge emiliana sulla parità scolastica fra scuole pubbliche e private e al finanziamento statale alle scuole private, da sempre uno dei temi cardine dell’organizzazione.[14]

Nel 2000, l’UdS criticò aspramente sia l’introduzione dei «buoni scuola» alle famiglie degli studenti di scuole private che la proposta dell’onorevole Francesco Storace di istituire una commissione che scrutinasse il contenuto politico dei libri di testo[15] e si interessò alla didattica, un altro dei temi destinati a diventare pilastro ideologico dell’associazione.[16] Il 2001 dell’UdS fu segnato prima dal G8 di Genova e poi dagli attacchi dell’11 settembre, rispetto ai quali adottò una posizione nettamente pacifista, condannando la risposta bellica occidentale.[17] Nello stesso anno, fu eletto il governo Berlusconi II che, in sostituzione della recente legge Berlinguer della scuola, varò la riforma Moratti, a cui l’Unione degli studenti oppose fin dall’inizio una strenua resistenza.[18] Il 2002 si aprì all’insegna della prosecuzione di questa protesta e della stipulazione di un Patto di Lavoro fra l’Unione degli Studenti, l’Unione degli Universitari e la CGIL, che formalizzò l’alleanza fra le tre realtà sindacali.[19] L’UdS si schierò nuovamente per la pace anche in occasione della guerra in Iraq.[20]
Nel 2004, l’Unione degli studenti lanciò una mobilitazione studentesca contro la criminalità organizzata e guidò cortei e manifestazioni contro mafia e camorra a Napoli e Palermo, senza interrompere la contestazione del ministro Letizia Moratti.[21] Nel 2005, l’UdS bollò come «violazione della privacy degli alunni» la proposta d’introduzione del registro di classe elettronico[22] e fece scendere in strada oltre trecentomila persone[senza fonte] in più di 70 città italiane per la giornata internazionale degli studenti il 17 novembre.[23][24] A questo periodo risale, inoltre, la prima proposta pubblicizzata del comodato d’uso dei libri di testo, che consiste in una sorta di «contratto» fra la scuola (che compra i libri di testo) e gli studenti, che si impegnano ad utilizzarli propriamente e a restituirli a fine anno.[25]

Nell’estate del 2006 viene sospeso il Patto di Lavoro tra UdS e CGIL, sottoscritto nel 2002 e l’allora maggioranza dell’UdS taglia i rapporti anche con l’Unione degli Universitari: questi episodi segnano il definitivo fallimento del primo tentativo di Rete Studentesca. Le mobilitazioni autunnali degli studenti passano dalla contestazione dei progetti di riforma del Ministro D’Onofrio alla protesta contro la legge finanziaria che culminerà con lo sciopero generale del 12 novembre e un milione e mezzo di persone in piazza. A novembre sono quasi seicento le scuole occupate dagli studenti e il 10 e l’11 dicembre si tiene a Milano un’Assemblea nazionale degli studenti promossa dall’associazione[26].

Nel 2007 da una scissione interna all’UdS nasce la Rete degli studenti (ReDS) che godrà fin da principio di un patto d’intesa con la CGIL. I tentativi di ricomposizione tra Rete degli studenti e UdS falliscono e in seguito a ciò, alcuni membri della direzione nazionale e i rispettivi territori abbandonano l’associazione dando vita all’ISIM (Idee studentesche in movimento), che nello stesso anno, assieme alla Rete degli studenti e a Studenti di sinistra converge nella Rete degli studenti medi.

Nel 2008 l’Unione degli studenti promuove il movimento studentesco, denominato Onda studentesca, in contestazione alla riforma Gelmini e alla finanziaria Tremonti, per poi continuare a denunciare e a contestare i processi di privatizzazione della scuola pubblica.

Tra il 2011 e il 2012 l’Unione degli studenti promuove numerose mobilitazioni contro i tagli all’istruzione pubblica e l’austerity. Nel 2012, a seguito dei tanti cortei, delle numerose occupazioni ed autogestioni promosse in tutta Italia dall’Uds contro il DDL Aprea, il disegno di legge di trasformazione della scuola pubblica non viene mai discusso e approvato in Senato e viene – nei fatti – bloccato. Le norme più contestare del DDL Aprea sono state la possibilità di partecipazione di membri esterni alla scuola e alla sua governance e la possibilità per le scuole di ricevere finanziamenti dai privati.

Negli stessi anni l’Uds scrive un progetto di riforma dell’istruzione in Italia chiamato l’AltraRiforma. La riforma degli studenti, scritta a seguito di un grande percorso di partecipazione e consultazione che ha coinvolto migliaia di studenti in tutto il paese, è ancora un progetto inattuato e mai discusso dai Governi che potenzialmente potrebbe migliorare radicalmente il sistema formativo italiano.

A partire dall’autunno del 2014 l’Uds si mobilita contro la riforma del Governo Renzi “Buona scuola” portando migliaia di studenti in piazza a partire dal 10 ottobre e continuando a mobilitarsi fino al 5 maggio 2015 assieme ai sindacati dei lavoratori. Il 7 luglio 2015 la riforma viene approvata nonostante l’inarrestabile mobilitazione di tutto il mondo della scuola.

Il 13 ottobre 2017 l’Uds promuove il primo “sciopero dall’alternanza scuola-lavoro” per denunciare i casi di sfruttamento in alternanza e per uno Statuto dei diritti degli studenti e delle studentesse in alternanza scuola-lavoro ed un Codice Etico per i percorsi formativi, già approvati in tante scuole in tutta Italia grazie all’Uds. A seguito delle grandi mobilitazioni il MIUR convoca per il 16 dicembre dello stesso anno gli Stati Generali dell’alternanza scuola-lavoro durante i quali viene presentata la Carta dei diritti degli studenti in alternanza, una proposta valutata dall’Uds molto limitata rispetto alle richieste degli studenti.

Nel 2019 l’Uds sostiene le mobilitazioni di Fridays For Future attivando le proprie basi locali nei comitati territoriali del movimento per la giustizia climatica. Fondamentale è stato il lavoro svolto nell’organizzazione del Terzo Sciopero Globale per il Clima, il 27 settembre, che ha visto la partecipazione di 1 milione di studenti in tutta Italia.